El Sistema de Precios de Referencia (SPR) ha sido apuntado por la industria y la distribución como uno de los elementos causantes de los desabastecimientos. Según El director Técnico de Farmaindustria, Emili Esteve, el modo de cálculo de los precios de referencia hace que "de forma instantánea algunas presentaciones son damnificadas".
El problema apuntado por Esteve viene porque todas las presentaciones de un principio activo que tengan la misma vía de administración van a tener un coste/tratamiento/día idéntico, independientemente de los costes de fabricación de cada una de las presentaciones. Con ello, algunos productos dejan de ser rentables y, por ello, según Esteve, "una causa puramente económica hace que algunos productos pueden entrar en desabastecimiento".
Con esta cuestión coincidió claramente el director general de Fedifar, Miguel Valdés, quien indicó que una de las causas del desabastecimiento es el "escaso interés económico en la comercialización de un medicamento".
Con ellos también coincidió Edurne Fernández de Gamarra, especialista en Farmacia Hospitalaria del Hospital Sant Pau de Barcelona. Según indicó, en los últimos tiempos la sociedad se ha escandalizado por "lo mucho que cuestan los tratamientos para la hepatitis o los anticuerpos monoclonales, pero no nos escandalizamos de lo poco que cuestan otros medicamentos".