Las comunidades autónomas han aprovechado la reunión del Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud (CISNS) para reclamar al Gobierno que no compute como déficit público el gasto de los tratamientos para la hepatitis C tal y como prometió hace un año el ministro de Sanidad en funciones, Alfonso Alonso, cuando se aprobó el Plan Estratégico Nacional.
De este modo, a pesar de no estar incluido en el orden del día, las autonomías, incluidas algunas del PP como Castilla y León, han criticado al Gobierno por las declaraciones del ministro de Hacienda, Cristobal Montoro, achacando al gasto de los nuevos fármacos de la hepatitis C el desvío del déficit público de las comunidades en 2015.
Según el consejero de Sanidad de Castilla y León, Antonio María Sáez "no es razonable que el mismo Gobierno que nos reclama cumplir los objetivos de déficit, apruebe un plan estratégico e incorpore medicamentos de elevado coste”. Según indicó, se trataría de una contradicción del ejecutivo. La crítica ha venido también de otros consejeros como el catalán, Antoni Comín, que ha defendido que "la lealtad institucional consiste en no decidir a solas sobre una política y hacer que la financie otra institución" y pide "buscar alguna solución" para seguir tratando a estos pacientes. Por su parte, el consejero de Sanidad de Extremadura, José María Vergeles, ha tachado de "barbaridad" y "despropósito" que Montoro haya anunciado que todos los pacientes están ya tratados y que, por tanto, "no va a financiar" el tratamiento para esta enfermedad en el año 2016. "Esto nos parece una barbaridad y una irresponsabilidad por parte del Gobierno de España", ha recalcado a la entrada al CISNS
Por su parte, el consejero Castellano-manchego, Jesús Fernández Sanz, ha recordado que se prometió que se iban a financiar los tratamientos durante 3 años y ha avisado de que las comunidades autónomas "no pueden soportar" esa infrafinanciación.
Otros consejeros se han centrado en el coste de los tratamientos. Según han denunciado, ni siquiera ellos mismos saben cuánto han costado estos fármacos ya que fue fruto de una negociación directa entre el ministerio y los laboratorios. En este sentido, el consejero de Aragón, Sebastián Celaya, reclamó saberlo “por transparencia” ya que mostró sus dudas sobre que se estén pagando los mismos precios en todas las comunidades autónomas.
Juan José Pedreño, consejero de Salud de Murcia: 
Carmen Martínez, portavoz del Grupo Socialista en la Comisión de Sanidad del Congreso de los Diputados: 
Margarita de la Pisa, eurodiputada de Vox.: 
Ion Arocena, director general de la Asociación Española de Bioempresas (Asebio): 
Javier Padilla, secretario de Estado de Sanidad: